潜水简报:
- 全基因组测序从根本上改变了美国检测、识别和监测微生物食品危害的方式，根据一篇博客文章由美国食品和药物管理局的两位顶级科学家撰写。在帖子中，Steven Musser和Eric L. Stevens解释说，这项技术“快速、精确、经济、易于使用，可以普遍应用于所有食源性病原体。”
- FDA在使用全基因组测序方面一直处于领先地位，该测序可以识别破坏食物和导致疾病爆发的细菌的类型和来源。2012年，该机构成立GenomeTrakr这是一个现已国际化的实验室网络，它对食源性微生物致病菌进行测序，并将数据实时上传到一个公共数据库。
- Musser和Stevens写道:“GenomeTrakr已经收集了14.2万多株测序菌株，并将它们免费提供给世界上的任何人，并继续展示这种大型数据库如何在美国和世界各地有效地用于食品安全。”
潜水的见解:
全基因组测序,根据FDA”,本质上是通过对构成病原体DNA的化学成分进行测序来揭示病原体的遗传指纹。例如，它最近被用来帮助将软质奶酪的样本与基因指纹相匹配单核细胞增多性李斯特氏菌与3月初爆发的致命食源性疾病有关。”
GenomeTrakr网络的扩大帮助加快了对病原体的识别。在此之前，将病原体与食物来源相匹配，然后追踪确定那些可能患病的人，对于试图解决疫情的流行病学家来说，这是一个众所周知的缓慢和艰难的步骤。
去年发表的一项研究比较了两次坚果酱爆发的情况揭示了研究人员所说的这项技术对“巨大的公共健康后果”。2009年，与花生酱有关的沙门氏菌爆发导致9人死亡。46个州至少有714人患病，其中一半是儿童，23%住院。
2014年，在FDA开始使用全基因组测序来帮助疫情调查后，发生了一起类似的事件，导致5人报告了相关疾病。研究发现，后者的爆发得益于监管部门的早期干预，患病人数明显减少，只有一人住院。
FDA希望其他正在使用全基因组测序的国家将与GenomeTrakr共享他们的数据。该机构的目标是让能够加入的发展中国家加入。截至7月，该系统由15个联邦实验室、25个州卫生和大学实验室、1个美国医院实验室、2个位于美国的其他实验室、20个位于美国以外的实验室组成，并与独立学术研究人员合作。
这项技术也在不断发展。FDA实验室测试新的基因组测序仪，看看它们是否更快、更好、更便宜，或者是否更容易移动。现在一些非常小的测序仪可以装进口袋里，FDA设想有一天可以有一个“公文包里的实验室”，这样工作人员就可以出去做现场测试。
很容易看出，提高全基因组测序数据的可用性和协调程度，将有助于更快地确定疫情的来源和范围，从而减少世界各地罹患可预防的食源性疾病的人数。这可能有利于制造商，如果疫情的影响持续时间过长，并使大量人患病，制造商的声誉可能遭受巨大打击。
